Los Digimon VR son Digimon creados por ZeedMillenniummon con la finalidad de derrotar a Ryo Akiyama y a ENIAC. La única diferencia entre ellos y sus contrapartes normales es que estos tienen los ojos rojos. VR proviene de Virtual Reality (Realidad Virtual).
Están controlados por clones oscuros de Taichi Yagami, Daisuke Motomiya y Takato Matsuda. Cada uno de ellos dispone de tres Digimon.
Dark Taichi[]
Controla tres Digimon: VR-Omega, VR-Apocaly y VR-WarGrey.
Dark Daisuke[]
Controla tres Digimon: VR-Imperial, VR-Venom y VR-BlackWarGrey.
Dark Takato[]
Controla tres Digimon: VR-Duke, VR-Sakuya y VR-SaintGalgo. Tras vencer a los tres, VR-Duke digievoluciona en VR-CDuke.