Whispered ist ein besonderes Programm, welches von Bagramon erschaffen und unbemerkt in Apollomon eingebaut wurde. Es hat einen ganz eigenen Willen und einen durch und durch bösartigen und niederträchtigen Charakter, welcher in einem grundsätzlichen Kontrast zu seinem gutartigem Wirt steht. Als Mikey Kudo & Co. im Glanz-Land erscheinen, offenbart sich Whispered und zwingt den Todes-General nun dazu, zu einem Apollomon Whispered zu digitieren, welches später auch noch zu einem Apollomon Darkness Mode wird. Das Programm kann zwar besiegt werden, doch kostet es auch Apollomon das Leben, da beide absolut untrennbar miteinander verbunden wird.
Whispered kehrt später im Prison Land erneut zurück, aber da der Gerechtigkeitssinn in seinem Herzen erwacht, als er sieht, dass Mikey Kudo seine Digimon mit seinem Leben beschützen will, wird auch das wahre Apollomon wiedergeboren und schickt Mikey sowie seine Digimon und Olegmon in die Digiwelt zurück.
Whispered löst sich später vollständig auf, als das unvollständige GrandGeneramon von Shoutmon X7 besiegt wird, da sein Körper erneut vernichtet wurde.