Ein Kerker ist eine Art Gefängnis, welches meistens aus nur einem Raum mit Steinwänden besteht und sich meistens unter der Erde befinden. Auch in Digimon kamen schon Kerker vor und zwar zweimal.
Der Kerker der Bakemon-Kirche
Zum einen besitzt die Bakemon-Kirche, die auf dem Phantomfriedhof steht, einen Kerker, in den Biyomon und Gomamon gesperrt wurden, nachem die Bakemon Sora und Joe gefangen genommen hatten. Der Wächter dieses Kerkers ist natürlich ein Bakemon, welches allerdings von Biyomon und Gomamon ausgetrickst und so überwältigt werden konnte, sodass diese ausbrechen konnten.
Der Kerker von ShogunGekomons Schloss
Zudem besitzt auch ShogunGekomons Schloss einen Kerker, in den Mimi Tai, Joe, deren Digimon und Palmon sperren ließ. Einen eigenen Wächter hat dieser Kerker nicht, allerdings befinden sich im gesammten Schloss genügend Gekomon und Otamamon. Nach ihren Alpträumen ließ Mimi ihre Freunde allerdings wieder frei.